To meet the ambitious objectives of ABRomics, we have formed a consortium of 45 teams belonging to the main French research organizations. These teams bring together all the expertise required to build this platform. It covers the diversity of ABR research in clinical and fundamental fields, mathematical modeling methods and the whole range of expertise in computer science, bioinformatics, database and computer architecture.
Archamps
Plateforme BioPark d’Archamps
Tutelles: Association Plateforme BioPark d’Archamps, Université Grenoble Alpes, CNRS, Inserm
Expertises: Proteomics/peptidomics, Metabolomics, Microbiology, Bioactive peptides
Tool(s): MOSAR-Def
Bagnols sur Cèze
Plateforme ProGénoMix (UMR0496)
Tutelles: CEA, INRAE, Université Paris-Saclay
Expertises: Protéomique microbienne, Métaprotéomique, Protéogénomique, Intégration multiomiques, Protéotypage, Pathogènes
Method(s)/paper(s): Phylopeptidomics ; Multiplex prototyping
Besançon
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques : Pseudomonas spp & Acinetobacter spp
Tutelles: Santé Publique France, CHU de Besançon
Expertises: Mécanismes de résistance aux antibiotiques chez les souches de Pseudomonas et de Acinetobacter
Bordeaux
Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Tutelle(s) = Université de Bordeaux
Expertises = bioinformatics, bacterial genome annotation, machine-learning for antibiotic resistance prediction
Projet: ARSENAL
Centre National de Référence des Campylobacters et des Hélicobacters
Tutelles: Santé Publique France, CHU de Bordeaux
Expertises: Campylobacters, Helicobacters
Brest
Génétique Génomique Biotechnologies - Biomedicine and Integrative Genetics & Genomics (UMR1078)
Tutelles : INSERM, CHU Brest, UBO, EFS
Expertises : lung microbiome, lung resistome, multi omics
Tool(s): Resistome analysis; EasyOTU
Clermont-Ferrand
Plateforme Auvergne Bioinformatique
Tutelles: Université Clermont Auvergne (UCA)
Expertises: genome annotation, metagenomics
Tool: Galaxy
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques : Entérobactéries non productrices de carbapénèmes (Clermont-Ferrand)
Tutelles: Santé Publique France, CHU de Clermont-Ferrand
Expertise: Résistance des Entérobactéries
Ile de France
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Evry
Microbial annotation and comparative analysis platform
Tutelles: CEA, CNRS, Univ. Paris Saclay
Expertises: Genome annotation, (meta)Pangenome, Comparative genomics, Bacterial metabolism
Tools : PPanGGOLIN, PanGBank
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Gif-Sur-Yvette
Institut de Chimie des Substances Naturelles
Tutelles: CNRS, Université Paris-Saclay
Expertises: beta-lactamases, antibiotic resistance, machine learning, bacterial bioinformatics
Tools : BLDB (Beta-Lactamase DataBase)
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Jouy-en-Josas
INRAE research unit of Excellence in Microbiome Analysis
Tutelles: INRAE, Univ. Paris Saclay
Expertises: Microbiotia, Quantitative and Functional metagenomics, Microbiome data integration
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Le Kremlin-Bicêtre
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques : Entérobactéries productrices de carbapénèmes (Le Kremlin-Bicêtre)
Tutelles: Santé Publique France, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris
Expertises: Mécanismes de résistance aux carbapénèmes chez les Entérobactéries
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Paris
Biological Resources Center of the Institut Pasteur
Tutelle: Institut Pasteur
Expertises: strain taxonomy and nomenclature, MLST, cgMLST
Tool: BIGSdb-Pasteur
Ecologie et Evolution de la Résistance aux Antibiotiques
Tutelle: Institut Pasteur
Expertises: Bactériologie, résistance aux antibiotiques, génomique, évolution, ecologie microbienne
Project(s): PPR Seq2Diag ; DYASPEO ; PRE-EMPT
Epidémiologie et Modélisation de la résistance aux antibiotiques
Tutelles = Institut Pasteur, Inserm, Université de Versailles Saint Quentin en Yvelines (UVSQ), Paris Saclay
Expertises = Antibiotic resistance, epidemiology, infectious diseases, mathematical modeling, health databases, cohorts, biostatistics
Project(s) = SARAH
Microbial Evolutionary Genomics
Tutelles: Institut Pasteur, CNRS
Expertises: Molecular evolution, Genomics, Phylogenomics, Microbiology
Tool(s): MacSyFinder ; IntegronFinder ; Panacota ; SatelliteFinder
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Tutelle(s): Institut Pasteur
Expertises: Génomique comparative, Phylogénie, Modélisation et IA, Analyse de données multi-omiques, Développement de bases de données, WF Galaxy, Intégration Web
Infection, Antimicrobials, Modelling, Evolution
Tutelles: INSERM, Université de Paris Cité, Université Sorbonne Paris Nord
Expertises: Antimicrobial treatments, Antimicrobial Resistance, Emerging Infectious Diseases, Microbiota, Virulence, Evolution, Clinical Investigation, Modelling, Clinical Epidemiology, Longitudinal data, Biostatistics, Medico-economics, Decision Support Systems
Institut Français de Bioinformatique
Tutelles: CNRS, INRAE, Inserm, CEA
Expertises: Cluster and Cloud technologies, Galaxy WF, Open Science, FAIR data, Multi-omics data integration
Tool(s): usegalaxy ; BioMAJ ; FAIRchecker
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Saclay
Département Médicaments et Technologies pour la Santé
Tutelles: CEA, INRAE / Université Paris-Saclay
Expertises: Protéogénomique, Métabolomique, Méta-omiques, Multi-omiques, Tests rapides de détection de bactéries antibiorésistantes
Lille
Limoges
Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques
Tutelles: Inserm, Université de Limoges, CHU Limoges
Expertises: Résistance aux antibiotiques, Résistance aux antiviraux, Intégrons, CMV, Recherche translationnelle, One Health, Microbiote pulmonaire
Project(s) : Projets en cours
Lyon
Antibiorésistance et Virulence Bactériennes
Tutelle(s): ANSES, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1)
Expertises: bioinformatics, bacterial genome annotation, machine-learning for antibiotic resistance prediction antibiotic resistance, molecular epidemiology, phylogenomics
Tool(s): ARSENAL
Centre Internationale de Recherche en Infectiologie
Tutelles: INSERM, Université Claude Bernard Lyon1, CNRS, Ecole Normale Supérieure de Lyon
Expertises: Approche intégrative des maladies staphylococciques, de la paillasse au lit du malade et inversement, pour comprendre l’occurrence, les mécanismes pathogéniques et la résistance aux antimicrobiens
Project(s): STAPATH projects
Centre National de Référence des Staphylocoques
Tutelles: Santé Publique France, Hospices Civils de Lyon
Expertises: Expertise, Conseil, Surveillance épidémiologie et alerte dans le champ des maladies à Staphylocoque
Institut des Sciences Analytiques
Tutelles: CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1
Expertises: Analyse de systèmes complexes
Tool(s)/project(s): Multi-Dimensions pour les Mélanges Complexes (MDMC); Surface et Miniaturisation pour la Recherche Analytique et la Technologie (SMART); Approches THéoriques et EXpérimentales des Interactions Moléculaires (ATHEXIM)
Marseille
Membranes et Cibles Thérapeutiques (UMR_MD1 U_1261)
Tutelles : Inserm, AMU, Ministère de la Défense
Expertises : Membrane bactérienne, Transporters membranaires, Résistance aux antibiotiques, Pharmacochimie des antibactériens
Tool(s)/papers(s): BAC-SCREEN ; Commun Biol. 2022 ; Nat. Rev Microbiol. 2020 ; Nat. Protocol 2018 ; Nat. Microbiol. 2017
Montpellier
DIversity - Adaptation - DEvelopment of plants
Tutelles = IRD, Université de Montpellier, CIRAD
Expertises = Pangenomics, Diversity, Data analysis,Evolution
HydroSciences Montpellier
Tutelles: Université de Montpellier, IRD, CNRS
Expertises: Water microbiology, Antibiotic resistance, Genomics
Aquaculture, Biodiversité, Santé
Tutelles: IRD, CIRAD
Expertises: Ecologie des maladies infectieuses aquatiques, Biodiversité-santé, Antibiorésistance, Sécurité alimentaire, OneHealth
Project(s): BCOMING ; AFRICAM Cambodge ; EPICOV (Environmental ePIdemiology of COVID-19 in French Guiana) ; PRIME (PRedicting the ecological niche of human pathogens Infectious strains as a key determinant of infectious disease eMErgence) ; AquaCAM (Aquaculture in Cambodia: Sustainability and Risk Prevention)
MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation
Trois sites: Montpellier, Sète et Palavas-les-flots
Tutelles: IRD, IFREMER, Univ. Montpellier, CNRS, INRAE
Expertises: Biodiversité marine, Conservation, Pêche et aquaculture durable, changement climatique, Risques émergents
MARBEC est répartie sur 3 sites : Montpellier, Palavas les flots et Sète
Project(s): NEMESIS ; VECTOPLASTIC ; ExPLOI
Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle
Tutelles: IRD, CNRS, Université de Montpellier
Expertises: Ecologie et évolution de la résistance aux antibiotiques: Emergences, Virulence, Résistances, Interactions; Prévention & Contrôle des Maladies Infectieuses et des Vecteurs
Tool(s)/project(s): BAARGIN (Bacterial Assembly and Antimicrobial Resistance Genes detection In Nextflow) ; LMI DRISA (Laboratoire Mixte International “Drug Resistance in South East Asia”) ; NEMESIS ; VECTOPLASTIC ; Projet CIRCUS ; ARCAHE (ANTIBIOTIC RESISTANCE AT THE HUMAN/ANIMAL/ENVIRONMENT INTERFACE IN A “ONE-HEALTH” APPROACH IN CAMBODIA)
Nantes
Plateforme Bioinformatics Research and Development
Tutelles: INSERM, Nantes Université
Expertises: transcriptomics, metagenomics, system biology, knowledge graphs, ontologies, FAIR principles
Tool(s) : MAGNETO; MiBiOmics; FAIR Checker
Center for Research in Transplantation and Translational Immunology
Team 6: Host-pathogens interactions, inflammation and mucosal immunity
Tutelle = Nantes Université
Expertises = Host pathogen interaction, Hospital acquired pneumonia, Hoste response, Immunology, Microbiome, scRNA-seq, Epigenetics
Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes - Équipe Combinatoire et Bioinformatique
Tutelles : CNRS, Nantes Université, Centrale Nantes, IMT Atlantique, Inria
Expertises: comparative genomics, metagenomics, ecological networks, metabolic modeling, (eco)systems biology
Tools: MiBiOmics ; microSysMics ; MAGNETO
Nouzilly
Plasticité Génomique Biodiversité Antibiorésistance - Infectiologie et Santé Publique (UMR1282)
Tutelles: INRAE, Université de Tours
Expertises: Antimicrobial resistance of Gram-negative bacteria, Mobile genetic elements, Plasmids, Horizontal Gene Transfer
Rennes
Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques : Entérocoques résistants à la vancomycine (Rennes)
Tutelles: Santé Publique France, CHU de Rennes
Expertises: Entérocoques résistants à la vancomycine, Résistance des entérocoques.
Strasbourg
BIoinformatique et Génomique Est
Tutelles: CNRS, Inserm, Université de Strasbourg
Expertises: Infra cloud et cluster, Analyses omiques, Assemblage de génomes (bactéries, levures, plantes), Protéomique, Applications en génomique des levures, biologie végétale et dans les maladies génétiques rares.
Tool(s): PipeAlign2
Toulouse
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